Метаболом представляет собой полный набор низкомолекулярных веществ в конкретной клетке, органе или организме в данный момент времени. Входящие в метаболом низкомолекулярные вещества могут образовываться в организме естественным путем (например, некоторые сахара, витамины и пигменты) или поступать извне (например, медицинские препараты, загрязнители окружающей среды и пищевые добавки).
Метаболом может меняться раз в несколько секунд или минут под воздействием огромного количества факторов. Изменения метаболома могут быть связаны, например, со сменой окружающих условий, приемом пищи или изменением уровня активности.
Метаболомика занимается научным изучением метаболома.